L’Accord de coopération de 2005 dispose qu’il est institué auprès de la Commission et du Bureau, un Secrétariat chargé des tâches techniques et administratives que lui confie le Président.
Ce Secrétariat est composé au moins d’un collaborateur du rôle linguistique francophone et d’un collaborateur du rôle linguistique néerlandophone. Ce Secrétariat fonctionne à temps plein.