Het Samenwerkingsakkoord van 2005 bepaalt dat bij de Commissie en bij het Bureau een Secretariaat wordt opgericht, dat door de Voorzitter wordt belast met technische en administratieve taken. Het Secretariaat is samengesteld uit tenminste een medewerker van de Franse taalrol en een medewerker van de Nederlandse taalrol. Het Secretariaat functioneert voltijds.
Mevrouw Anne Bourgeois is sinds 2018 projectverantwoordelijke bij het Secretariaat onder Nederlandse taalrol.
De post van projectverantwoordelijke bij het Secretariaat onder Franse taalrol is openstaand.